宗教研究所自成立以来，取得了丰硕的成果。公开出版的专著有：
        云南省社科院宗教研究所编《宗教论稿》，云南人民出版社，1986年。
        颜思久主编《云南宗教概况》，云南大学出版社，1991年。
        云南省社科院宗教研究所、云南省宗教学会编《云南伊斯兰文化论文选集》，云南人民出版社，1993年。
        云南社科院宗教宗教所人员参与编写《迪庆州宗教志》，中国藏学出版社，1994年。
        云南省社科院宗教研究所编《云南省志·宗教志》，云南人民出版社1995年。
        杨学政主编《云南宗教文化研究系列丛书》（15本，云南人民出版社），分别是：杨学政著《原始宗教论》，1991年；刘稚、秦榕著《宗教与民俗》，1991年；邓启耀著《宗教美术意向》，1991年；徐亚非、温宁军、杨先明著《民族宗教经济透视》，1991年；杨福泉、郑晓云著《火塘文化录》，1991年；李国文、龚有德、杨国才著《智慧的曙光----民族宗教哲学探》，1992年；杨学政著《衍生的秘律》，1992年；周凯模著《祭舞神乐---民族宗教乐舞论》，1992年；杨学政、韩军学、李荣昆著《世界三大宗教在云南---地域宗教比较研究》，1993年；蔡毅、尹相如著《幻想的太阳》，1994年；杨政业著《白族本主文化》，1994年；杨学政等编《云南宗教知识百问》1994年；杨学政著《藏族纳西族普米族的藏传佛教》，1994年；杨学政编《云南宗教史》，1999年；韩军学著《基督教与云南少数民族》，2000年。
        杨学政编《云南少数民族礼仪手册》，云南民族出版社，1999年。
        韩丽霞、杨学政编《云南藏族人权历史与现状》，云南人民出版社，1999年。
        杨学政主编《中国原始宗教百科全书》，四川辞书出版社出版，2002年。
        候冲著《白族心史》，云南民族出版社出版，2002年。
        杨学政、邢福增主编《云南基督教传播及现状调查研究》，香港宣道出版社，2004年。
        杨学政主编《中国原始宗教文化图文丛书》（5本，四川文艺出版社，2007年），分别是：起国庆著《彝族毕摩文化：信仰的灵光》；杨学政，萧霁虹著《苯教文化之旅：心灵的火焰》；王宏刚、于晓飞著《大漠神韵：神秘的北方萨满文化》；董建中著《银苍玉洱间的神奇信仰:白族本主崇拜》；杨福泉著《走进图画象形文的灵境：神游纳西古王国的东巴教》。
        杨学政、熊胜祥主编《云南宗教知识丛书》（6本，宗教文化出版社，2004）分别是：刘鼎寅、韩军学著《云南天主教》；杨学政，袁跃萍著《云南原始宗教》；杨学政等著《云南道教》；韩丽霞、董允著《云南佛教》；马开能、李荣昆著《云南伊斯兰教》；肖耀辉、熊国才著《云南基督教》。
        杨学政主编《云南宗教系列专史》（6本，云南大学出版社），分别是：刘鼎寅、韩军学著《云南天主教史》，2005；姚继德、李荣昆、张佐著《云南伊斯兰教史》，2005年；肖耀辉、刘鼎寅著《云南基督教史》，2007年；萧霁虹、董允著《云南道教史》，2007年；另有《云南佛教史》《云南原始宗教史》待出版。
        完成出版了云南蓝皮书系列之《云南宗教情势报告》4部（2003-2004年，2004-2005年，2006-2007年，2008-2009年）。已完成待出版《中国南方民族宗教辞典》。自1987-1997年，编辑内部期刊《云南宗教研究》（半年刊）20多期；1998-2004年，编辑出版《云南宗教研究》论文集（内部资料）4本。
        宗教研究所人员参与昆明市宗教事务局编写《昆明佛教史》，2001年；《昆明基督教史》，2005年；《昆明天主教史》，2006年；《昆明道教史》，2007年。均由云南大学出版社出版。
        杨学政著《揭秘原始怀崇拜密码》，云南人民出版社，2008年。